航空运输与系统工程系由系统工程与控制研究所（民航运输系）更名而来，其前身可追溯到1982年成立的交通运输系统分析研究室，是一支在我国综合运输系统规划与智能交通领域拥有深厚历史积淀的团队，为我国交通运输行业发展做出了突出贡献，其学科根基由知名学者、交通运输系统工程学科创始人、《交通运输系统工程与信息》期刊创办人张国伍教授奠定。

       为响应综合立体交通对专业化人才的迫切需求，我校于2017年设立民航运输专业方向并启动招生；2020年12月正式成立民航运输系，与系统工程与控制研究所实施“系所融合”发展模式；2025年更名为“航空运输与系统工程系”，标志着本系全面进入高素质民航人才培养的新阶段。

       航空运输与系统工程系聚焦民航运输本科专业建设，并承担交通运输规划与管理、低空技术与工程、控制科学与工程、物流工程等学科方向的研究生培养。

       近年来，依托系统工程与控制研究所、智慧民航发展研究中心科研平台，团队承担国家重点研发计划、国家自然科学基金及部委、政府及企业委托项目100余项，发表高水平论文200余篇，获授权发明专利与软件著作权50余项，逐步形成了以“机场—航司—空管”系统协同规划与运行为核心，向低空经济、多式联运等前沿方向拓展的研究特色，研发的智慧运行技术与系统被机场、城市公交等部门广泛采用，多项成果获中央电视台、新华社、经济日报等主流媒体报道，具备了良好的社会影响力。

       在产学协同方面，本系与民航空管局、首都国际机场、大兴国际机场、广东机场集团、南方航空等龙头单位建立多方位战略合作，并为学生提供优质的实践条件。在国际化方面，与香港理工大学、安伯瑞德航空航天大学（ERAU）、莫纳什大学等推进本硕联合培养；与MIT国际航空运输研究中心、普渡大学、克兰菲尔德大学等机构保持着持续的科研交流合作，助力学生拓展国际视野、拓宽深造通道。

       面向未来，本系将持续致力于培养适应智慧化、绿色化、融合化发展趋势的民航运输复合型人才，并在低空智能运营技术与工程等新兴领域塑造学生更大的竞争优势。