交通运输学院与母校同庚，是我国现代交通运输教育的发祥地，形成了以铁路为特色，面向多种交通方式的高水平教学和研究团队；建立了以交通运输领域为主，向物流、电子商务领域拓展的高层次人才培养体系。交通运输学院作为建设世界一流学科、培养交通运输拔尖创新人才、塑造行业科技创新的重要源头，以支撑国家经济社会发展、传承中华民族和谐文化为己任，努力建成世界一流、特色鲜明的高水平研究型学院。

本科生培养方面，学院现有交通运输（含铁道运输、城市轨道交通、智能运输工程、高速铁路客运组织与服务、民航运输五个方向）、交通工程、物流工程、电子商务四个本科专业，其中交通运输、交通工程和电子商务为国家级一流本科专业。同时开设了交通运输中外合作办学专业，采取中外合作办学模式，由北京交通大学与代尔夫特理工大学共同创办和建设，是北京地区高校中第一个被教育部批准的“交通运输”专业本科教育中外合作办学项目。