交通系统科学与工程研究院于2016年组建成立，现已形成一个以国家自然科学基金创新研究群体、教育部长江学者创新团队为基础，由长江学者和杰青领衔，万人、青长、优青、新世纪人才和全国优博为骨干，结构合理的高层次科研团队。交通系统科学与工程研究院牵头建设系统科学一级学科（该学科在四次全国一级学科评估均排名第一，并于2017年入选首批国家一流学科建设名单），参与建设交通运输工程和控制科学与工程学科。

交通系统科学与工程研究院教师先后主持承担了交通领域第一个国家973计划项目（首席科学家）、国家863计划项目、国家重点研发计划项目、国家自然科学基金创新研究群体项目、重点项目、杰出青年科学基金项目、优秀青年科学基金项目、面上及青年项目等国家级项目90余项；在领域顶级及权威学术期刊上发表论文200余篇。获国家自然科学奖二等奖1项（第一完成人）、教育部自然科学奖一等奖3项（第一完成人）和科技进步奖一等奖1项、全国创新争先奖1项、复旦管理学杰出贡献奖1项钱学森城市学金奖1项、其他省部级奖励10余项。

近年来为国家和省部级交通部门、高等院校、科研院所以及相关行业培养了一批高层次专业人才，2006年培养出我校首位全国优秀博士学位论文获得者，此后又培养出全国优博1名、全国优博提名奖获得者2名，并建成了“交通系统科学与工程”研究生创新拔尖人才培养基地。2019年获中国学位与研究生教育学会研究生教育成果奖一等奖，“交通系统科学与工程”团队获评为全国教育系统先进集体。